対象となる100％グループ内法人とは、完全支配関係（原則として、発行済株式の全部を直接又は間接に保有する関係）のある法人をいいます。

（1）100％グループ内の法人間の資産の譲渡取引等

グループ間で一定の資産の移転（非適格合併による移転を含む）を行ったことにより生ずる譲渡損益を、その資産のそのグループ外への移転等の時に、その移転を行った法人において計上する制度とします。
これに伴い、適格事後設立制度は廃止されます。 

（2）100％グループ内の法人間の寄付

グループ法人間の寄付金について、支出法人では全額損金不算入されるとともに、受領法人では全額益金不算入されます。

（3）100％グループ内の法人間の資本関連取引

1．グループ法人間の現物配当（みなし配当を含む）について、譲渡損益の計上を繰り延べる等の措置を講じます。この場合、源泉徴収等を行わないこととします。

2．グループ法人からの受取配当について益金不算入制度を適用する場合には、負債利子控除を適用しないこととします。

3．グループ法人の株式を発行法人に対して譲渡する等の場合には、譲渡損益を計上しないこととします。
4．いわゆる無対価組織再編成について、その処理の方法等を明確化します。

（4）大法人の100％子法人に対する中小企業向け特例措置の適用

資本金もしくは出資金の額が５億円以上の法人又は相互会社等の100％子法人について、資本金又は出資金の額が１億円以下の法人に係る次の特例制度は適用されません。
1．軽減税率

2．特定同族会社の特別税率の不適用

3．貸倒引当金の法定繰入率

4．交際費等の損金不算入制度における定額控除制度

5．欠損金の繰戻しによる還付制度
 

（5）連結納税制度

1．連結納税の開始又は連結グループへの加入に伴う資産の時価評価制度の適用対象外となる連結子法人のその開始又は加入前に生じた欠損金額を、その個別所得金額を限度として、連結納税制度の下での繰越控除の対象に追加します。

2．連結納税の承認申請書の提出期限は、適用しようとする事業年度開始の日の３ヶ月前（現行６ヶ月前）の日とします。

3．事業年度の中途で連結親法人との間に完全支配関係が生じた場合の連結納税の承認の効力発生日の特例制度について、加入法人のその完全支配関係が生じた日（加入日）以後最初の月次決算日の翌日を効力発生日とします。

4．連結納税の開始又は連結グループへの加入に伴う資産の時価評価制度について、その開始又は加入後２月以内に連結グループから離脱する法人の有する資産を時価評価の対象から除外します。

上記の改正は、（3）2.（4）及び（5）1.を除き、平成22年10月１日から適用されます。 

（1）みなし配当の際の譲渡損益

1．自己株式として取得されることを予定して取得した株式が自己株式として取得された際に生ずるみなし配当については、益金不算入制度（外国子会社配当益金不算入制度を含む）を適用しない。
2．抱合株式については、譲渡損益を計上しない。

（2）清算所得課税

清算所得課税を廃止し、通常の所得課税に移行されます。その際、期限切れ欠損金の損金算入制度を整備する等の所要の措置を講じます。